Four Codons Changed The
World History.
改变了世界史进程的四个密码子。
直言简评，2021-05-23。
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/four-codons-changed-world-history.html
https://sites.google.com/site/zhiyanleback/2021-1/z20210523-quay-paper
至今一年多了，关于本次疫情病毒的病源讨论，有个特别问题：病号样本病毒基因有一组密码子序列：【CCT-CGG-CGG-GCA】。不管是认为病源来自哪里，国际学界一致把这组密码子看作新冠病毒之“新”的最重要证据；甚至有的说，正是这四个组合密码子，改变了世界历史进程、使得当今世界地缘政治格局越来越是19世纪中后期的无序冲突状态，即世界大战的前夕的状态。
关于该密码子组合序列的讨论不少。最出色和最有说服力的，是美国病毒学家奎伊关于病毒病源分析的报告（Dr.
Steven C. Quay: Bayesian Analysis of SARS-CoV-2 Origin, 27 January 2021）。病毒学家奎伊是国际学界公认的全球最高层次的1%的业内行家之一，是全球业内在学术和应用两方面都是多产和高质量的科学家。
奎伊的分析报告说，该序列的明显功能是增强病毒的“功能获得”（Gain of Function, GoF；中国大陆同义称呼为“跨种传播”，即：使用基因工程技术、把本不传人的病毒改造为可传人，以此研究开发相关疫苗和药品）。根据海量证据，奎伊的分析报告说，该组合的每个密码子单独分别出现，不新鲜；然而，它们组成一组的序列、尤其是其中的CGGCGG组合序列，自然界动物没有、而只有人体才有。如此，在自然条件下，人类基因组是怎么成为新冠病毒的一部分的？而密码子组合CCT-CGG-CGG-GCA更是自然界没有的，如此，病号人体基因序列中的该四个密码子从何而来？奎伊说，自然界或自然界动物具有该组合序列的可能性微乎其微，而实验室操作应用该序列的可能性极大（原文：Current
likelihood: Zoonotic origin (0.2%), laboratory origin (99.8%)），且用基因编辑手段实现并不困难。
图表01： 美国卫生部人类基因数据库说明，目前所知，只有人类具有CGGCGG为核心的组合片段（上为人类基因序列，下为武汉病号样本病毒基因序列）：
| 图表01：人类特有基因片段是如何跑到病毒基因序列之中的？ |
| 一：人类染色体基因序列（来源：美国卫生部人类基因数据库） |
| RefSeq: NP_079151.2 |
| https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_079151.2 |
| LOCUS NP_079151 753 aa linear PRI 12-DEC-2020 |
| Nucleotide Sequence (2262 nt): |
| ATGGAGACCTTTGAGCCCATCAGCCAAGAGCCCCTCAGCCAAGCCAGCTATGACAAAGCCCCAGACCCAG |
| TTCCTGAGCTCCAAGACTCGTTCTATGCAGAACTGCAACGTGCAGAGAGCCTCCAAGAGAAGAGCATAAA |
| AGAGGCCAAGACCAAATGCAGGACAATTGCATCCCTGCTCACTGCAGCCCCCAACCCCCACTCCAAAGGG |
| GTACTTATGTTTAAGAAACGGCGGCAGAGAGCCAAGAAGTACACCCTGGTGAGCTTCGGGGCTGCTGCTG |
| GGACAGGCGCTGAGGAGGAGGACGGCGTTCCCCCCACGAGTGAGTCCGAGCTGGACGAAGAAGCCTTCTC |
| 二：武汉病号样本病毒基因序列（来源：美国卫生部病毒基因数据库） |
| SARS-2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome |
| NCBI Reference Sequence: NC_045512.2 |
| https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512.2?report=fasta |
| TGAACATGTCAACAACTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTATATGCGCTAGTTATCAGACT |
| CAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGTAGTGTAGCTAGTCAATCCATCATTGCCTACACTATGTCACTTG |
| GTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCTATTGCCATACCCACAAATTTTACTATTAGTGTTAC |
该人类染色体基因序列中，CGGCGG记录的是Arg-Arg蛋白组合。介绍说，该组合对人体的免疫等方面具有相当重要和独特的作用（有个专门术语称之为弗林（Furin）效力）。
奎伊的分析报告指出，大量证据说明，以CGGCGG为核心的组合片段CCT-CGG-CGG-GCA对病毒的传播力和破坏力的稳定增强具有相当重要的弗林效力贡献作用；该组合及其作用在自然界不存在，故而，只有病毒来自实验室操作才有可能解释为啥该组合出现在病号病毒样本的基因序列之中。
其实，中国大陆科研实验的事实支持奎伊报告。仅举一例：北京、武汉、上海和深圳等地流行多年的一个病毒实验，就是冠状病毒与人体受体基因组的互动的【跨种传播】，其一个手段、就是把人类基因片段移植到动物（譬如蝙蝠和猪鼠）体内搞试验。如此，当然，动物携带的病毒就具有了人类基因片段。这不就是实验室操作或人工合成吗？
再说个细节。中国军医和新冠疫苗开发领衔者陈薇的说明也是支持奎伊论述的，尽管陈薇没有直接说她的学术成就和疫苗开发成功的科学道理方法其实与奎伊博士的分析方法是彼此吻合的。譬如，陈薇说：增加基因CG及其均衡布局可以增强病毒的稳定性和传播力。那就是“功能获得”且是通过CG基因数量布局实现的。而基因密码子序列CCT-CGG-CGG-GCA正是如此：12个基因中，C和G分别占有5个、其余两个是AT，即CG占了绝大多数。
从隐形基因（详见美国国家标准局关于隐形基因的文献）角度看，更是如此，且不但是“功能获得”的增强，还达到了组合总体结果的CG均衡。如下：
图表02：
| S-Gene Codon Freq. re WH01 (NC_045512) | |||||||||||||||
| Pos. | BC | I | II | III | IV | V | VI | BC | I | II | III | IV | V | VI | Sum |
| 681 | CCT | ATG | GCA | GTA | CCA | TGA | CGT | 24 | 15 | 37 | 45 | 21 | 57 | 28 | 227 |
| 682 | CGG | TAC | TAC | ACG | TCA | TGT | GCA | 27 | 50 | 50 | 7 | 53 | 60 | 37 | 284 |
| 683 | CGG | TAC | TAC | ACG | TCA | TGT | GCA | 27 | 50 | 50 | 7 | 53 | 60 | 37 | 284 |
| 684 | GCA | TGA | GTC | CTG | AGA | CTT | CAG | 37 | 57 | 46 | 31 | 9 | 32 | 19 | 231 |
表格中，POS为四个密码子在病号样本S-基因序列的位点；BC为显性密码子（基础对），I到VI为每个显性密码子所含有的隐形密码子；右部数字为每个密码子对应的能量水平。
可以看到，合计而论，单个基因共有84个，其中A有20个、C有23个、G有21个、T有20个。那是个相当均衡的数量布局状态。就能量水平，CG比AT多出大约100个单位，即：单个基因数量布局均衡的同时、CG的能量水平更高，因而可以发挥传播力稳定性增强作用。
诚如中国军医陈薇所说，这种均衡布局和传播力增强的基因序列，是通过基因编辑工程技术实现的，即是通过人工合成实验室作业来实现的。如前说，陈薇没有直接说，但她的方法说明实际上是支持奎伊博士的分析报告所指明的方法结论的。
值得很关注的是，奎伊列举大量病毒基因学证据说明，所谓病毒病源来自蝙蝠RaTG13的说法不成立，甚至该样本涉嫌实验室作业（大白话说，就是个用来掩盖真相的伪造品），因而，该样品说是2013年采集的、却在大约七年后的疫情公开后一个多月才公布，就不奇怪了。（注：还值得关注的是，当今，世卫组织年会召开之前，国际学界不少知名行家陆续发表公开信、要求该机构重组新的和真正独立的病源调查之际，RaTG13的提供者即武汉病毒所石正丽团队，又搬出了一个蝙蝠样本RaTG15、说是2015年采集的。眼下，他们还没有提供完整的基因序列样本）。
奎伊的分析报告说，在写作的时候，他向中国武汉病毒所石正丽、美国方面的主张病毒病源来自自然动物的达萨克和安德森等各位相关学者们发函，请他们回答报告提出的问题（尤其是以CGGCGG为核心的组合片段CCT-CGG-CGG-GCA密码子序列的来历问题）。可是，那些学者没一个能做出答复，而是采取了“鸵鸟政策”、甚至有的采取了封锁社交媒体账号手段（不许未经授权的读者阅读他们的东西或留言）。
值本文结尾，美国主要媒体报道了《华尔街日报》报道，说明实验室研发泄漏病毒可能性极大。这是重要的【风向变化】：须知，此前一年多，那些媒体惯于给该见解扣上一顶【阴谋论】的政治帽子。与此风向变化，那位一直说病毒病源来自自然动物而不会来自实验室的美国福奇先生，也改口了。譬如，记者问他是否还坚信病毒病源来自自然，福奇回答说：不，不坚信（即不排除实验室泄漏可能）。
参考阅读（一）：
Bayesian Analysis of SARS-CoV-2
Origin.
Dr. Steven C. Quay, 27 January 2021.
https://drquay.com/wp-content/uploads/2021/01/SQuay_Bayesian-Analysis-of-SARS-CoV-2-FINAL-01.27.2021.pdf
WSJ: Intelligence on Sick Staff at Wuhan Lab Fuels Debate On Covid-19 Origin.
May 23, 2021 2:57 pm ET.
https://www.wsj.com/articles/intelligence-on-sick-staff-at-wuhan-lab-fuels-debate-on-covid-19-origin-11621796228
Transcript: What Dr. Fauci told PolitiFact.
May 14, 2021.
https://www.politifact.com/article/2021/may/14/transcript-what-dr-fauci-told-politifact/
参考阅读（二）：
Evidence-Based: Two Candidates re SARS2 Origin (II). 2021-05-14..
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/evidence-based-two-candidates-re-sars2.html
Two Candidates re SARS-2 Origin. 2021-04-29.
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/two-candidates-re-sars-2-origin.html
https://sites.google.com/site/zhiyanleback/2021-1/z20210429-two-origins
Again, SARS-2 Is Man-made. 2020-03-02/ updated: 2020-04-25.
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/again-sars-2-is-manmade.html
A Deleted Record 被删除的记录。
SARS2: PRC Case, 2019-11-20
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/a-deleted-record-sars2-prc-case-2019-11.html
Att. Relevant Genomic Sequences (partial):
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